1937, nach seiner Rückkehr nach Berlin, setzte er hier sein Studium fort und war außerdem beim Aufbau der zionistischen Jugendarbeit tätig. In der Kulturabteilung der "Jüdischen Jugendhilfe" lernte Jizchak Schwersenz Edith Wolff kennen, die ebenso in der zionistischen Jugendarbeit beschäftigt war. Diese jüdischen Organisationen konzentrierten sich in dieser Zeit vor allen Dingen auf die Vorbereitung der Jugendlichen zur Auswanderung nach Palästina (Alija). Dazu wurden spezielle Schulen eingerichtet, die neben der Allgemeinbildung vor allem Fächer wie Hebräisch, jüdische Geschichte und Palästinakunde anboten. Jizchak Schwersenzs Aufgabe bestand darin, die Erziehungsarbeit in den Kibbuzim zu betreuen. In diesen Kibbuzim bekamen die Jugendlichen neben der Schule auch eine landwirtschaftliche Ausbildung, die ihr Leben in Palästina erleichtern sollte.
Mit Ausbruch des Krieges übernahm Jizchak Schwersenz die Leitung der Jugend-Alija-Schule in Berlin. Ende 1941, bei einer gemeinsamen Feier von Simchat Thora, dem letzten Fest der Herbstfeiertage, hatte Jizchak Schwersenz die schwere Aufgabe, seinen Schülern Mitteilung vom bevorstehenden Beginn der Deportationen zu machen. Mit Beginn der Deportationen schloß die Schule. Es gelang ihm allerdings, einen Teil der Schüler in der als "Gartenbauschule Wannsee" getarnten Außenstelle der Schule bis 1942 weiter zu unterrichten. Danach wurde jeglicher Unterricht für Juden verboten.Schüler wie Lehrer wurden zu Zwangsarbeit verpflichtet. Jizchak Schwersenz arbeitete in der Großküche der jüdischen Gemeinde. Eine seiner Aufgaben war es Essen in die Sammellager und auch in die Fabriken, in denen Juden Zwangsarbeit leisten mussten, zu transportieren.
Mit zunehmender Verschärfung der Lage begann auch innerhalb der "Jüdischen Jugendhilfe" die Diskussion, ob man sich den Deportationen durch den Weg in die Illegalität entziehen sollte oder nicht. Für viele Juden galt es jedoch als unehrenhaft, etwas Illegales zu tun. Besonders bei den Pfadfindern wurde die wirkliche Aufgabe eines Pioniers darin gesehen, bei den Deportationen mutig und würdig voranzugehen. Auch für Jizchak Schwersenz war es zuerst undenkbar, in den Untergrund zu gehen. Als er aber von seiner bevorstehenden Deportation erfuhr, entschloss er sich, auf Drängen Edith Wolffs , doch diesen Schritt zu wagen. 